Waar waren wij ook al weer gebleven. In het eerste deel over de geschiedenis van Vilnius zijn wij gestopt bij de collectieve overgang van Litouwen naar het katholieke geloof.
Na de verdeling van de macht tussen Jogaila en Vytautas, waarbij Joigala zijn zetel in Krakow koos en Vytautas vanuit Vilnius heerste, brak een nieuwe periode van eerst nog betrekkelijke rust aan. In de veertiende eeuw werd de groei van Vilnius echter al snel gestopt door voortdurende aanvallen van de Orde van de Kruisvaarders. Een ommekeer kwam toen de Orde in 1410 werd verslagen bij de slag bij Grunwald (ook wel de slag bij Zalgiris of de slag bij Tannenburg genoemd). Dit gaf de stad de een goede gelegenheid om zich verder te ontwikkelen. In de vijftiende eeuw werden er veel gotische bakstenen gebouwen gerealiseerd en de gilden en kloosters begonnen zich te vestigen. Dit alles had een behoorlijke invloed op de oorspronkelijke vorm van de stad. In deze periode werd het oude stadhuis gebouwd en verschenen er verscheidene gotische orthodoxe kerken.
Na de grote brand van 1471 verschenen er veel nieuwe straten, terwijl tussen 1503 en 1522 het meest dichtbevolkte gebied van ongeveer 90 hectare omringd werd door een verdedigingsmuur met vijf poorten om de stad te beschermen tegen een eventuele inval van de Tartaren. Enkele honderden jaren lang groeide de stad en werd deze sterker. In 1579 werd een universiteit gesticht – de eerste in het Groothertogdom Litouwen. Al relatief snel werd dit een belangrijk centrum voor Europees onderwijs en cultuur. Het werd beroemd door de internationale onderwijzers, studenten en culturele activisten. Het politieke, economische en sociale leven was hier vanzelfsprekend ook intens. Dit komt tot uitdrukking in in de Litouwse Statuten van de zestiende eeuw, waarvan de laatste effectief in gebruikt was tot in de negentiende eeuw.
In de zestiende tot en met de zeventiende eeuw groeide Vilnius uit tot de grootste centrumstad van het land en één van de grootste steden van Oost-Europa. Het nam Europese culturele waarden over en voegde deze naadloos in de plaatselijke gebruiken in. Vilnius groeide nog steeds en de stad stond open voor nieuwkomers uit zowel het westen als uit het oosten. Dit is de reden waarin zich door de tijd heen Polen, Russen, Joden, Duitsers, Karaite en anderen in Vilnius hebben gevestigd. Allen droegen op hun eigen wijze bij aan de vorming van de stad. Op dat moment floreerde de handel en het onderwijs.
In de achttiende eeuw, tijdens de Noordelijke oorlog, werd Vilnius meerdere malen bezet door Zweedse en Russische legers. Tijdens het laatste jaar van het bewind van Stanislaus Augustus Poniatowski (1764-1795) bereikten nieuwe ideeën over verlichting Vilnius. In 1773 werd het eerste Ministerie van Verlichting in Europa opgericht.
Van de zestiende eeuw to het begin van de negentiende eeuw hebben vele branden en oorlogen de stad geteisterd en het werd meerdere malen opnieuw opgebouwd. De basis indeling van de straten blijft echter altijd hetzelfde. Veel nieuwe gebouwen en kerken in stad vertegenwoordigen vrijwel iedere bouwstijl, van laat-gotisch tot classicistisch.
